En el tema de Sustentabilidad y saneamiento de cuerpos de agua, el objetivo es la implementación de políticas que promuevan la protección y conservación del Medio Ambiente en Comunidades Rurales asegurando la conservación permanente de los recursos naturales y la biodiversidad en el territorio.
Es de interés la creación de una Agenda de Sustentabilidad y energías alternativas para el campo así como la Red de Equipamiento para la Generación de Energía Alternativa, además de la Red de Centros de Reciclaje y Contención de Deshechos Agroquímicos
El saneamiento del Río Santiago es un proyecto fundamental en el que intervienen diferentes Secretarías de Estado, que incluyendo a la Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural se construye una agenda multisectorial que involucra temas de salud, educación, infraestructura y la coordinación de todos los niveles de gobierno.
Entre las acciones más importantes que contempla el Saneamiento del Río Santiago están las siguientes:
• Elaboración del Inventario de descargas por vocación productiva,
• Inspecciones y acciones sobre las empresas y unidades de producción pecuarias que emiten sus descargas sin tratar al río,
• Saneamiento del agua de las poblaciones,
• Capacitación para el uso de biofertilizantes,
• Uso eficiente de los recursos hídricos,
• Uso de maquinaria para el mejoramiento de infraestructura hidroagrícola, y
• Reconversión productiva en la cuenca del Río Santiago.